La microbiologie regroupe un ensemble de disciplines scientifiques qui étudie l'ensemble des organismes de taille microscopique, ou microorganismes, appartenant au monde animal (protozoaires), végétal (protophytes), ou aux champignons microscopiques (micromycétes), mais aussi à celui des bactéries et des virus. Ces disciplines sont désignées en fonction de la spécificité de leur domaine d'étude, comme la protistologie, la parasitologie, la mycologie, la bactériologie et la virologie.
Dans cette rubrique, les protistes (essentiellement des protozoaires), les moisissures, les levures (champignons microscopiques), les bactéries sont des entités distinctes. Une sous-rubrique regroupe d'autres formes de microorganismes, alors qu'une dernière partie dresse un panorama de ceux qui, toutes catégories confondues, ont un rapport avec la santé ou l'alimentation humaine.